Chaque règne est divisé en embranchements (ou parfois divisions en botanique) que l'on nomme également phylum en latin comme en anglais. Les principaux niveaux de la classification taxonomique sont le monde vivant, l'empire ou le domaine, le règne, l'embranchement ou la division, la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce.
Une révision controversée de la classification a été proposée par Carl Woese en 1990 après avoir observé ce qui semblait être de grandes différences au niveau moléculaire chez les bactéries et les archées en dépit du fait que les deux groupes sont composés d'organismes procaryotes. Woese a alors entrepris d'établir un système de classification à trois domaines : les bactéries, les archées et les eucaryotes (ce troisième domaine regroupant les plantes, les animaux, les protistes et les champignons). L'utilisation actuelle du système à sept règnes constitue un compromis entre le système classique à cinq règnes de Whittaker et le système à trois domaines de Woese. Ce système à sept règnes où les procaryotes sont scindés en bactéries et archées est devenu le standard dans de nombreux travaux.
La classification traditionnelle de Linné (1735) en deux groupes (végétal / animal) a évolué pour aboutir à la constitution des six règnes du vivant selon la biologie,, :
les archées ou formellement Archea (procaryotes unicellulaires à histones) ;
les bactéries ou formellement Bacteria (procaryotes unicellulaires sans histone) ;
les protistes ou formellement Protista (eucaryotes unicellulaires), ancien règne classique dont avaient ensuite été retirés les procaryotes (archées et bactéries formant leur propre règne), et aujourd'hui divisé entre protozoaires (ou formellement Protozoa) et chromistes (ou formellement Chromista, incluant les algues brunes) ;
les végétaux ou formellement Plantae (eucaryotes multicellulaires avec une vacuole, incluant également les algues vertes) ;
les mycètes ou formellement Fungi, communément les champignons (eucaryotes multicellulaires pour la plupart mais unicellulaires pour certains, hétérotrophes et osmotrophes), qui ont été retirés de l'ancien règne végétal ;
les animaux ou formellement Animalia (eucaryotes multicellulaires).D'après la classification en six règnes (Carl Woese, 1977), est prise en considération, sur la base de l'analyse des séquences d'ARN ribosomique (16S ou 18 S), la proposition de diviser le monde vivant en trois « règnes primaires », ceux des archéobactéries, des eubactéries et des eucaryotes.
Il s'est produit, au cours de l'évolution cellulaire des organismes, une coupure fondamentale qui distingue le groupe des eucaryotes et celui des procaryotes
Les procaryotes (Procaryota) sont unicellulaires mais peuvent être multicellulaires (exemple : Trichodesmium, un genre de cyanobactéries filamenteuses), et leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau.
