En Europe, le terme autochtone était utilisé avec un sens équivalent dans l' histoire des Romains pour désigner les populations qui vivaient dans le Latium avant la fondation de Rome. Un indigène est une personne qui est anciennement originaire d'un pays et qui en possède la langue, les coutumes et les usages, avec une connotation culturelle.
L'adjectif et substantif « indigène » est un emprunt, savant, au latin,, classique indigena, adjectif et substantif,. Il est attesté, en moyen français, au XVIe siècle : d'après le Trésor de la langue française informatisé et le Dictionnaire historique de la langue française, sa plus ancienne occurrence connue se trouve dans le Pantagruel de François Rabelais.
L' emploi de ce terme en français ne devient d'usage courant qu'après le siècle suivant[Quoi ?]. On peut ainsi y soupçonner une assimilation plus ou moins proche, selon les préjugés du temps et tenant compte des intérêts des locuteurs, avec le latin phonétiquement voisin indigens qui signifie « indigent », ou « qui manque de ». C' est aussi une époque où le terme générique attribué aux "Indes" correspond au territoire du potentiel d'une plus -value économique mirifique sur les investissements.
Localement ou à certaines époques, le terme indigène dans le domaine des sciences ethnologiques et historiques a pu prendre une connotation péjorative, désignant des individus ou des arts « non-civilisés », ou avec un sens équivalent à celui de barbare ou de sauvage, en particulier en Amérique du Sud au XVIIe siècle.
À partir des années Trente, l' engouement considérable suscité par l' exposition coloniale et la construction du Musée des colonies françaises ( Palais de la Porte Dorée), par le développement de l'ethnologie, par l'influence de l' art nègre sur le cubisme et la musique jazz, font perdre complètement à ce mot la connotation péjorative qu'il avait pu avoir.
