La couleur des yeux est un caractère polygénique qui est principalement déterminé par la quantité et le type de pigments présents dans l'iris de l'œil,.
Les humains et les animaux présentent de nombreuses variations phénotypiques relatives à la couleur des yeux. Chez les humains, ces variations de couleur sont dues à la proportion variable d'eumélanine produite par les mélanocytes dans l'iris. Les couleurs chatoyantes des yeux de nombreuses espèces d'oiseaux sont généralement déterminées par d'autres pigments, tels que les ptéridines, les purines, et les caroténoïdes.
Trois éléments principaux à l'intérieur de l'iris contribuent à sa couleur : la teneur en mélanine de l'épithélium pigmentaire de l'iris, la teneur en mélanine du stroma irien, et la densité cellulaire du stroma irien. Dans les yeux de toutes les couleurs, l'épithélium pigmentaire de l'iris contient le pigment noir appelé eumélanine,. Les variations chromatiques entre différents iris sont généralement attribuées à la teneur de mélanine à l'intérieur du stroma irien. La densité cellulaire à l'intérieur du stroma affecte la quantité de lumière qui est absorbée par l'épithélium pigmentaire.
La couleur des yeux est un caractère héréditaire influencé par plus d'un gène,. Il existe deux gènes majeurs et d'autres plus mineurs qui permettent d'expliquer la variation chromatique des yeux chez l'être humain.
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