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La Daphnie commune est un animal hautement territorial, qui mène une vie quotidienne dans de petits groupes sociaux composés de 2 à 5 femelles et de 1 à 2 mâles, dans lesquels les individus utilisent conjointement des terriers et des aires d'alimentation. Il construit des terriers souterrains et y passe la majeure partie de sa vie. Il présente un certain nombre de caractéristiques morphologiques et physiologiques qui facilitent la vie dans les conditions souterraines et semi-arides de son aire de répartition. Il utilise l' eau de manière très efficace (il peut survivre sans accès à l' eau même 13 jours), son système respiratoire a une réaction relativement faible à l'hypoxie, qui menace les mammifères qui restent longtemps sous terre.