Après plusieurs semaines aux Philippines, Magellan avait converti jusqu'à 2 200 habitants au christianisme, dont Rajah Humabon de Cebu et la plupart des dirigeants des îles autour de Cebu.[27] Cependant, Lapulapu, le chef de Mactan, [28] a résisté à la conversion. [29] [30] Afin de gagner la confiance de Rajah Humabon, [31] [32] Magellan a navigué à Mactan avec une petite force le matin du 27 avril 1521. Au cours de la bataille qui en a résulté contre les troupes de Lapulapu, Magellan a été frappé par une lance en bambou, et plus tard entouré et achevé avec d'autres armes.[33] Antonio Pigafetta et Ginés de Mafra ont fourni des documents écrits sur les événements qui ont abouti à la mort de Magellan : lorsque le matin est venu, quarante-neuf d'entre nous ont sauté dans l'eau jusqu'aux cuisses et ont marché dans l'eau pendant plus de deux vols d'arbalète avant de pouvoir atteindre le rivage.. Les bateaux ne pouvaient pas s'approcher plus près à cause de certains rochers dans l'eau.
