Par extension de sens par analogie, le terme « flore » ou « microflore » désigne aussi l'ensemble des micro-organismes présents en un lieu donné. On parle de flore intestinale ou de flore cutanée pour les bactéries présentes dans l'intestin ou à la surface de la peau, par exemple. Le terme de flore est scientifiquement incorrect et fait référence à l'époque où les bactéries étaient classées dans le règne végétal. La communauté scientifique l'a ainsi rebaptisé microbiote qui évoque, sémantiquement, davantage des micro-organismes vivants (grec bios, « vie ») qu'un monde végétal suggéré par le mot flore.
Par extension, il désigne aussi les ouvrages répertoriant et décrivant ces espèces, et servant à déterminer les plantes (à les identifier). Le nombre d'espèces à décrire étant très important, les flores à destination du grand public se limitent souvent aux végétaux vasculaires ou aux plantes à graines et à leurs principales espèces.
Les collections de spécimens servant à définir les différentes espèces sont conservées dans des herbiers. Ce réseau d'herbiers à travers le monde est très important. C' est la référence qui permet aux botanistes de s'y retrouver et de faire le point entre les dénominations et découvertes anciennes et les identifications actuelles.
