Durante la época de emancipación de las colonias americanas (1810-1816), Mariquita se declaró Estado Libre y luego se incorporó a las Provincias Unidas de la Nueva Granada ; en la época de la Gran Colombia hizo parte del Departamento de Cundinamarca, el cual cubría territorialmente todo lo que hoy son Colombia y Panamá.
Posteriormente a la disolución de éste país (1830) perteneció a la República de la Nueva Granada, de carácter centralista, hasta que finalmente se implantó el sistema federal en la Nueva Granada en 1858 y la provincia pasó a ser entonces una de las provincias constituyentes del Estado Soberano del Tolima.
Varias sociedades aborígenes existentes en el área de la provincia habían logrado establecer una compleja red comercial con los pobladores de las vertientes de las cordilleras Central y Oriental. Entre los grupos indígenas existentes se destacaban los Ondaimas, Babadujos, Yaporoges, Panches y Pijaos, cuyo valor, la resistencia y la ferocidad les valió que la corona española, a través del presidente de la real audiencia don Juan de Borja, acometiera una campaña de exterminio total contra aquellos; no obstante las atrocidades acometidas contra éstos, muchos prefirieron morir que someterse al español como ocurrió con la celebre gesta del Cacique Calarla.
La actual ciudad de Honda ya existía en aquella época como asentamiento aborigen por su estratégica ubicación como puerto y vía de itercambio comercial. De aquí la ciudad fuera descubierta y no conquistada, ya que el asentamiento indígena sirvió de base para el establecimiento de los españoles.
En el periodo comprendido entre 1510 y 1540 se crearon las principales gobernaciones del Nuevo Reino de Granada a partir de la desmembración de la Nueva Andalucía y Castilla de Oro : Santa Marta, Cartagena y Popayán. Posteriormente al establecimiento de la Real Audiencia de Santafé en 1564, se adelantó la primera división política de sus territorios. Mariquita fue entonces designada como uno de los dos corregimientos de provisión real (el otro fue Tunja); los corregimientos constituyeron la división administrativa básica, equivalente a los municipios españoles.
Más tarde España dividió el territorio del Nuevo Reino de Granada en provincias.
