Su origen se encuentra en el mito de la gesta del soldado griego Filípides, quien en el año 490 a. C. habría muerto de fatiga tras haber corrido 42 km y 195 m desde Maratón hasta Atenas para anunciar la victoria sobre el ejército persa. En realidad Filípides recorrió el camino desde Atenas hasta Esparta para pedir refuerzos,[cita requerida] lo que serían unos 213 kilómetros. Aun así, el mito ganó mucha popularidad sobre lo que realmente sucedió.
El keniata Eliud Kipchoge posee la mejor marca de maratón masculina de todos los tiempos (2:01:39), obtenida en Berlín el 16 de septiembre de 2018 ; y la británica Paula Radcliffe es poseedora de la mejor marca femenina (2:15:25), conseguida en Londres el 13 de abril de 2003.
La carrera se inspiró en relatos de la batalla de Maratón, que tuvo lugar en 490 a. C., en la que los griegos derrotaron a los persas. Heródoto habla de la hazaña de Fidípides, que recorrió más de 40 kilómetros para avisar a los espartanos del desembarco persa en Maratón. Plutarco, en cambio, afirma que un heraldo llamado Tersipo o Eucles fue enviado de Maratón a Atenas para avisar de la victoria, corrió equipado con sus armas y murió tras anunciar la noticia. Luciano atribuye esa carrera a Filípides. Además, Heródoto también relata la marcha de los hoplitas atenienses, justo después de la victoria, desde Maratón a Atenas, para impedir el desembarco persa en Falero.
El filólogo Michel Bréal fue el que propuso a Pierre de Coubertin la celebración de una carrera llamada maratón dentro del programa de los modernos Juegos Olímpicos y se fijó la distancia de la carrera en 40 km, aunque existe una carrera anual en homenaje a la gesta relatada por Heródoto denominada Espartatlón (Spartathlon), que recorre la distancia desde Atenas a Esparta.
En los juegos de Atenas de 1896, inaugurados por el barón Pierre de Coubertin, se incorporó la carrera de maratón, en honor al mito griego.
En estos primeros Juegos Olímpicos, el gran héroe fue el ganador de la prueba de maratón, un vendedor de agua griego llamado Spiridon Louis, que fue seleccionado casi por obligación por un oficial del ejército griego.
