Fue declarado " Parque Natural" el 29 de diciembre de 1989 mediante el Decreto 275/ 1989 y a la sombra de la Ley 4/ 1989, de 27 de marzo de ese mismo año, de conservación de los espacios naturales y de la flora y fauna silvestres, con el objetivo de la protección de los valores naturales y paisajísticos que tiene haciéndolos compatibles con la explotación agrícola, ganadera y forestal tradicional del lugar.
Se declaró Lugar de Importancia Comunitaria (ES2130009) en diciembre de 1997 integrándose en la Red Natura 2000. El 16 de febrero de 2016 es declarado Zona de Especial Conservación (ZEC), dentro de la Red Natura 2000 por un decreto del Gobierno Vasco.
El puerto de montaña de Urquiola, que forma la carretera BI-623 que atraviesa el Parque por el paraje así denominado, es el corazón del mismo y en él se hallan el centro de interpretación y las instalaciones administrativas y formativas, así como el Santuario de Urkiola y algunos establecimientos hosteleros y de servicios.
La mayor altitud del Parque Natural es la cumbre del monte Amboto (1.337 msnm). Este monte tiene un fuerte significado mitológico al tener en él Mari, principal figura de la mitología vasca, su morada principal. El Parque Natural de Urkiola junto con el cercano Parque Natural del Gorbea forman una unidad medioambiental importante.
Urkiola ha sido históricamente una de las rutas de paso entre la cornisa cantábrica y la meseta. Aun cuando la presencia humana ha sido escasa, esta ha sido constante tal y como atestiguan los hallazgos arqueológicos realizados en toda el área del Parque. La mitología vasca asienta en estos lugares a muchas deidades pre cristianas como el caso de Mari y los Gentiles. La llegada del cristianismo reconvirtió estos lugares de culto pre- cristiano en lugares cristianos con la construcción de ermitas y humilladeros.