Desde el 13 de agosto de 1961 hasta el 9 de noviembre de 1989 estuvo separada de Berlín Oeste (o Berlín Occidental) por el famoso muro homónimo. En 1990, con la reunificación alemana esta división administrativa desapareció y toda la ciudad pasó a ser capital de la nueva Alemania reunificada.
Después de la capitulación alemana, la administración militar soviética estableció el 19 de mayo 1945 a Arthur Werner como alcalde- presidente o burgomaestre (Oberbürgermeister) para toda el área metropolitana del Gran Berlín (Groß-Berlin), para garantizar las necesidades más urgentes de la población después de la devastación de los ataques aéreos y la batalla de Berlín.
Los cuatro Aliados vencedores de la Guerra establecieron oficialmente el control del gobierno de Alemania el 5 de junio en la Declaración de Berlín, por la que los gobiernos de los Estados Unidos, Unión Soviética, Reino Unido y Francia, asumieron la soberanía y suprema autoridad sobre el territorio alemán, «dada la inexistencia de Gobierno central o autoridad capaz de aceptar responsabilidades por el mantenimiento del orden, la administración del país y de acuerdo con las exigencias de los poderes vencedores». La Declaración de Berlín establecía:
Las cuatro zonas de ocupación aliada en Alemania y en Berlín.
El gobierno conjunto de Alemania como un todo a través de un Consejo de Control Aliado, para asegurar la apropriada uniformidad de acción de los comandantes militares por separado para cada una de sus zonas de ocupación.
Establecimiento para Berlín de una autoridad gubernativa interaliada (Kommandatura), bajo la dirección del Consejo de Control, y que estaría constituida por los cuatro comandantes militares de Berlín, que se encargaría de la administración conjunta de la ciudad.Por otro lado las negociaciones de los aliados sobre el tráfico aéreo para acceder a Berlín desde las tres zonas de ocupación en el parte occidental de Alemania comenzaron el 29 de junio de 1945. El 30 de noviembre el Consejo de Control Aliado aprobó la propuesta de tres corredores de Berlín hacia Hamburgo, Bückeburg y Fráncfort/Main.
