La película cuenta la historia de cuatro comandos de pingüinos: un estratega excéntrico Kowalski, un especialista en las explosivas tareas de Rico, el Serial más joven y más bajo y el líder del grupo Skipper. Los pingüinos luchan contra la organización secreta del Viento del Norte, formada por el lobo polar Agente Utajnioniego, el Detonador del sello de Groenlandia, el musculoso oso Kapral y el águila Copo de nieve Eva, para enfrentarlos con el malvado doctor Oktawiusz Mackiewiczowi, que resulta ser un mal pulpo Dave y quiere destruir a los pingüinos de todo el mundo.
