Binnen de context van de natuurwetenschappen verwijst de term organisme allereerst naar de machinerie van het leven: een levend wezen wordt beschouwd als een samenstel (systeem) van chemische reacties en fysische verschijnselen, vanuit het perspectief van de biologie, de fysiologie, de biochemie, de moleculaire biologie, of de biofysica. Daarnaast kunnen organismen bestudeerd worden in hun relatie tot elkaar (in de ethologie), of tot hun milieu (in de ecologie).
Organismen kunnen op verschillende niveaus worden onderzocht: moleculair, cellulair, histologisch, op het niveau van organen of orgaanstelsels, van een individu, populatie of levensgemeenschap.
Als synoniem voor de termen organisme of levend wezen wordt ook de term levensvorm wel gebruikt, niet te verwarren met de botanische term: levensvorm.
In overdrachtelijke zin wordt een complex geheel wel beschouwd als een organisme: de samenleving; de politiek; het internationale telefoonnet.
